Es una de las pocas iglesias que se han conservado en Santander de esta época. Se accede a ella por una escalera exterior que alcanza una pequeña terraza.
Se cree que la planta es de Juan de Nates, pero en 1619 consta que Juan de Mazarredonda y Juan de Ribas cerraban la capilla mayor, los brazos del crucero, las capillas y la cúpula. Parece que su comienzo es de 1609.
La fachada es del siglo XVII con una apariencia puramente jesuítica, con un cuerpo central al que se adosan dos laterales más estrechos y bajos que se unen al central por una mampara pétrea que equivale a las grandes espirales que della Porta colocó en la iglesia de Jesús, en Roma.
La puerta es de medio punto, enmarcada con pilastras dobles que sostienen entablamento y frontón partido para encajar una hornacina con la imagen de la Virgen. El segundo piso de este cuerpo central lo ocupa una gran ventana rectangular arquitrabada a la que acompañan escudos , gigantes y barrocos, a cada lado, pertenecientes al primer marques de Villapuente que aportó el dinero necesario para terminar el edificio.
Las fachadas correspondientes a las capillas laterales llevan un óculo sencillo en bajo y una ventana rectangular en alto.
El interior es de una sola nave con capillas laterales que al estar unidas por arcos de medio punto forman unas falsas naves adyacentes. Una gran cúpula central en el crucero y un ábside rectangular en la cabecera completan el plano del edificio.
Esta iglesia fue iniciada a expensas de d poña Magdalena de Ulloa, mujer de Luis Quijano, ambos preceptores de Don Juan de Austria. Doña Magdalena fundó en 1595 el Colegio de la Compañía de Jesús.