La Colegiata de San Martín de Elines es uno de los edificios románicos más importantes de Cantabria. Sus restos mozárabes y los de las cercanas iglesias rupestres, evidencian una importante población en Valderredible.

Este antiguo Monasterio Benedictino fue convertido en Colegiata, pero se sabe muy poco de él. En 1102 la vieja iglesia se encontraba arruinada, y en la segunda mitad del siglo XII se edificó la obra románica que se conserva hoy en día.

La planta es longitudinal de una sola nave, con transepto no señalado en planta y cabecera.

El exterior presenta características plenamente burgalesas; el cimborrio sobre la nave domina el conjunto, adosándose la torre cilíndrica y el ábside semicircular. El tramo superior de la torre se añadió con posterioridad.

El ábside es semicircular y está dividido en tres calles por columnas que apoyan sobre contrafuertes prismáticos. Sólo se conserva la columna de la izquierda. La singularidad de este ábside radica en las grandes ar cadas que organizan todo el conjunto con gran claridad. Esto le aporta un carácter tardío, y lo relaciona con lo burgalés.

La portada se halla en el muro oeste, dentro del claustro, es muy sencilla, abocinada y de medio punto.

El interior está dividido en cuatro tramos: nave, crucero, y los tramos recto y semicircular del ábside. El ábside semicircular lleva una destacada decoración de arquerías superpuestas. La inferior está formada por cuatro arcaduras de medio punto que apoyan sobre capiteles historiados. Por encima corre una imposta de billetes en donde apoyan las basas de las columnas de las cinco arcadas superiores. Una imposta de flores sirve de arranque al cascarón de la bóveda.

En el lado de la Epístola del muro del ábside se conserva la pintura de dos figuras masculinas superpuestas, restos, posiblemente, de un Apostolado que decoraría la cabecera. Estos restos constituyen el único testimonio de pintura románica en Cantabria.

En el crucero destacan los grandes pilares semicilíndricos que dotan "a la iglesia de un marcado carácter plástico, al resaltar sobre los muros; ostentan capiteles historiados de gran desarrollo con temas bíblicos (Epifanía, Matanza de los Inocentes, Sansón con el león, leones devorando dos figurillas).

Sobre los arcos torales apoyan pechinas que soportan la cúpula, de despiece concéntrico.

La nave se cierra con una cubierta de madera.

Adosados al cuerpo principal de la iglesia aparecen restos y construcciones de diferentes épocas:

Arquerías mozárabes: Se pueden ver en el exterior del muro norte del claustro, corresponderían a la anterior iglesia, posiblemente de tres naves, construida en la corriente repobladora de finales del siglo IX de esta zona de Valderredible. De esta misma construcción serían lo dos dinteles que formaban unas ventanas muy estrechas de arco de herradura que hoy se encuentran tapiadas en el muro norte del claustro.

Ábside o capilla del cementerio: Situada en el lugar que ocupó la cabecera de la antigua iglesia mozárabe, con arco triunfal y bóveda de cañón apuntado, quizá del siglo XIII. Se aprecia una pintura mural barroca. Las dependencias añadidas a este volumen y con entrada desde el claustro, utilizan el mismo tipo de cubierta y deben pertenecer a la misma época.

El claustro es un rectángulo irregular, con una techumbre soportada por columnas exentas, quizá del siglo XVI. Lo más interesante del claustro son los sepulcros, seis separando el corredor del claustro y el jardín, uno en el centro y otro bajo un amplio arcosolio apuntado, situado en el muro norte. Estos sepulcros son de época románica y gótica.